La faune de Madagascar est très riche. En effet celle-ci présente entre 80 % et 90 % d'espèces endémiques. Cette notion d'endémisme bien qu'elle ne soit pas inexacte reste subjective, puisque dépendante du niveau taxonomique (Espèce-Genre-Famille-Ordre) à partir duquel se positionne l'observateur et de la surface ou du milieu considéré. De nombreux taxons spécifiques (Daubentonia) ou génériques (Brookesia), sont strictement endémiques à Madagascar, mais aussi, plus rarement au niveau de la famille (Opluridae) et atteignent donc des taux d'endémisme proche ou égaux de 100 %.

L'île de Madagascar est considérée comme un Hotspot de biodiversité, cette exceptionnelle originalité est due notamment au fait que Madagascar est totalement isolée dans l'Océan Indien depuis la fin du Crétacé (84 millions d'années), cause des radiations adaptatives et migrations du monde animal.

De nombreux autres facteurs ont aussi contribué à l'évolution originale et à la diversification des espèces animales actuelles de l'île: L'absence de certains prédateurs, les fragmentations successives des masses continentales dont l'île a fait partie entre 150 Ma et 84 Ma, l'influence des changements paléoclimatiques, la dérive de l'île vers le Nord jusqu'à sa position actuelle, le développement d'écosystèmes forestiers particuliers (émergence des angiospermes il y a environ 140 Ma), la topographie de l'île etc.

C'est l'ensemble de ces facteurs qui a contribué à l'importante diversification des niches écologiques et donc à l'apparition d'une multitude d'espèces animales souvent très spécialisées et uniques au monde.

Les invertébrés

Les scientifiques étudiant les invertébrés de Madagascar ne peuvent faire qu'une estimation grossière de la diversité de ces animaux sur l'île. Et parmi les différents groupes de macro-organismes de l'île, les invertébrés sont les moins bien connus. Du fait, d'une part, que la diversité est remarquable voire gigantesque avec des distributions souvent très limités et des niveaux de micro-endémisme élevés. D'autre part, les modes de vie de ces organismes sont très spécifiques posant des difficultés de collecte, c'est le cas des animaux vivant dans le sol ou dans la canopée. Pourtant les invertébrés et tout particulièrement les arthropodes, représentent une part considérable de la biomasse animale des écosystèmes du monde et de Madagascar.

Les poissons

Il est coutume de dire que l'ichtyofaune d'eau douce de Madagascar est typique des îles isolées, c'est-à-dire relativement pauvre d'un point de vue taxonomique, comparée à celle des zones continentales plus étendues. En effet de nombreuses familles africaines ou asiatiques en sont absentes. Le fait que l'île de Madagascar soit isolée et entourée par les océans depuis le Crétacé (Environ 90 millions d'années) explique en partie le nombre limité de familles de poissons d'eau douce. Cependant si l'on considère le nombre d'espèces avec la superficie de l'île, la notion d'ichtyofaune insulaire appauvrie ne s'applique plus vraiment1.

Les amphibiens

À Madagascar, la classe des amphibiens est uniquement représentée par les Anoures (Grenouilles - Crapauds). Les Urodèles (Salamandres - Tritons) sont principalement distribués dans l'hémisphère Nord et sont absents de tous les pays africain au sud du Sahara y compris Madagascar. Les Gymnophiones sont aussi absents de l'île et sont principalement distribués sur les masses continentales de l'hémisphère sud (Amérique centrale et latine - Indonésie - Afrique).

Le reptiles

En 2005, 364 espèces de reptiles sont connues à Madagascar, dont 332 sont strictement endémiques à l'île et 358 non marins. (Raxworthy. 2003 et Smith & al. 2005). La diversité des reptiles à Madagascar est des plus respectable vis-à-vis de la surface de l'île à peine inférieure à 600 000 km2. En comparaison les États-Unis (9 millions de km²) abrite 273 espèces de reptiles, l'Europe et l'Asie du Sud-Ouest (11 millions de km²) 380 espèces. (Branch. 1999). Si l'on ne tient pas compte des crocodiles et serpents de mer, l'ensemble des reptiles de Madagascar ne présentent pas de danger pour l'Homme, bien que les populations aient une certaine appréhension vis-à-vis de leur morsure. L'un des serpents les plus redoutés est le Menarana (Leioheterodon madagascariensis). Les caméléons sont craint au même titre que les serpents, cependant ils sont respectés, car considérés comme intelligent et mystique. D'autres espèces en fonction des groupes culturels sont fady (tabous) comme les uroplatus ou la fameuse tortue Astrochelys radiata.

Les mamifères

La mammalofaune malgache est n'a rien à envier aux autres classes d'animaux de l'île, cette dernière étant exceptionnelle à bien des égards. Elle est répartie en 7 ordres (Afrosoricida, Soricomorpha, Chiroptera, Primates, Carnivora, Artiodactyla et Rodentia) et 23 familles, soit plus de 150 espèces quasiment toutes endémiques de Madagascar et des Comores.

Chez les carnivores, l'espèce la plus connue étant Cryptoprocta ferox (Fossa), un animal féliforme souvent comparé à un petit puma. Carnivore opportuniste, il se nourrit principalement de lémuriens notamment les plus grands, mais aussi de rongeurs, de reptiles, d'invertébrés et de fruits. Son régime alimentaire peut varier en fonction de son habitat, voire se spécialiser en fonction de la ressource alimentaire disponible. Grâce à ses griffes semi-rétractiles le Fossa est capable de descendre la tête en bas le long des troncs. Il est aussi à l'aise au sol que dans la canopée. Discret et farouche, il est répandu dans tous les habitats forestiers de l'île. Ses populations sont cependant menacées par la déforestation intense qui sévit à Madagascar, d'autant que celles-ci sont généralement faibles du fait d'un territoire très étendu (Entre 7,8 et 26,2 km2). (Goodman & al. 2003).

Les lémuriens sont des primates endémiques de Madagascar et de l'archipel des Comores. On compte une centaine d'espèces différentes, dont la plupart sont menacées d'extinction. La déforestation massive, due à des pratiques agricoles inadaptées et au commerce illégal du bois, prive les lémuriens de leur habitat et des ressources nécessaires à leur alimentation. La chasse, le braconnage et la capture d'animaux vivants ont une part non négligeable dans la menace qui pèse sur leur avenir. Les lémuriens représentent aussi le groupe d'animaux le plus étudié de la faune malgache. Ayant attiré l'attention de la communauté scientifique, ils ont fait l'objet de nombreuses études de terrains, monographies et plan de conservation (Petter & al. 1977; Tattersall. 1982; Mittermeier et al. 1992 et 1994…). Ainsi le groupe des lémuriformes de Madagascar est aujourd'hui très bien documenté, ce qui reste assez rare pour être cité.

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